Ce qui rend la réserve unique, c’est la diversité de ses lagons. On y trouve de petits lagons fermés comme ceux de Taiaro et Niau, avec des eaux sursalées pour le premier et saumâtres pour le second. À l’opposé, de grands lagons ouverts sur l’océan, comme celui de Fakarava, possèdent des passes impressionnantes, dont la plus grande de Polynésie française, large de 1 600 mètres.
La faune et la flore y sont remarquables, abritant des espèces rares, protégées et endémiques, telles que le martin chasseur ou « koteuteu », une espèce strictement endémique à l’atoll de Niau.
En intégrant un réseau international reconnu, la municipalité et les habitants de la commune de Fakarava souhaitent valoriser et préserver leur riche patrimoine naturel et culturel hérité de leurs ancêtres.